El joven Ayato Kamina ha despertado en una nueva realidad en la que la raza humana lleva quince años librando una desesperada batalla contra unas misteriosas fuerzas invasoras. Ahora, la única oportunidad de supervivencia de la humanidad pasa por descubrir todos los secretos de un gigantesco robot que sólo él puede controlar, el arma definitiva conocida como RahXephon.
Tras las últimas revelaciones que han hecho temblar los cimientos de su mundo, Ayato decide abandonar el servicio activo en TERRA y parte junto a Quon hacia Tokyo Jupiter a bordo del RahXephon. Mientras el conflicto entre Mu y los seres humanos se intensifica, el Vermillon, fabricado por la corporación Bahbem para reemplazar al RahXephon, es enviado tras ellos. Incluye Episodios del 23 al 26

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Disco Sencillo Doble Capa: La transición puede suponer una mínima pausa